每期《海峡新干线》包括岛内焦点、今日链接、岛内百态、闽港新闻等基本板块。它成功推出后不断推陈出新，既通过链接两岸媒体、连线专家学者等诸多创新性的处理方式，对台湾新闻进行足量报道，还通过对重要的两岸交流活动和闽台交流盛事进行全面覆盖和突破性报道，努力为观众提供全方位的涉台新闻信息。